De 2004 à 2008, l’unité a animé le projet ACR Archéologie du territoire national « Inventaire, premiers traitements et mise à disposition des données archéozoologiques holocènes du tiers nord de la France », afin de structurer la communauté nationale des archéozoologues pour réagir contre la dispersion et, finalement, la perte, des données archéozoologiques nationales.
L’unité a amplifié cette action, à partir de 2008, avec le partenariat du Muséum, du CNRS, de l’INRAP et du MCC et le soutien financier de l’ANR Corpus, dans le cadre du projet BioarchéoDat (2008-2011). Sous le titre « Sociétés, pratiques et environnement : données et résultats de l’archéozoologie et de l’archéobotanique métropolitaines » et l’acronyme BioarchéoDat, ce réseau national a été animé par l’UMR 7209 entre 2008 et 2017 et a mobilisé une importante part de la communauté nationale des bioarchéologues du CNRS, de l’INRAP, des Universités, et de Collectivités territoriales.

Le nouveau contrat 2018-2021 est désormais sous la direction de Rose-Marie Arbogast, CNRS, (UMR 7044 ARCHIMEDE Strasbourg) et Marie-Pierre Ruas, dir. adjointe, CNRS (UMR 7209, AASPE, Paris).