Bases de données

Bases de données

Le service de base de données vise à organiser, préserver et mettre à disposition de tous les publics les données de la recherche.

Présentation du service bases de données
Responsabilité scientifique : C. Callou
Responsabilité technique : I. Baly
 
Dans le cadre de la Science ouverte, la production de données, qui ne seront pas nécessairement toutes utilisées ni publiées, implique qu’on apporte une attention particulière à leur organisation, à leur préservation et à leur mise à la disposition de tous les publics. Les responsables scientifique et technique du service bases de données de l'UMR sont également membres de l'UMS 3468 BBEES (Bases de données sur la Biodiversité, Ecologie, Environnement et Sociétés).
Réalisation et accroissement de bases dans le cadre de projets de recherche

Les premières réalisations du service ont été faites dans le cadre du projet de l’ANR corpus, devenu GDR 3641, BioarchéoDat (2014-17 dir.. J.-D. Vigne, et contrat 2018-22 dir. R.-M. Arbogast et dir.-adj. M.-P. Ruas). Les livrables et solutions techniques proposés ont dès lors placé l’UMR dans un rôle moteur et ont conduit à l’intégration du service dans des projets très variés, propres à l’unité ou dans le cadre des réseaux européens auxquels elle participe. Mené en partenariat avec le CNRS, le Muséum, l’INRAP et le Ministère de la Culture, le programme  vise: 

  • la production de bases de données
  • la structuration d’un réseau national interinstitutionnel des bioarchéologues
  • l’animation scientifique de ce réseau collaboratif et la production de résultats scientifiques de qualité. 

La base de données « Inventaires archéozoologiques et archéobotaniques de France (I2AF) » (resp. scientifique C. Callou)

La base de données I2AF est reconnue comme collection nationale du MNHN, ce qui en assure l’indépendance vis-à-vis de tout groupe de recherche, la maintenance et la pérennité sur le très long terme, la diffusion nationale et internationale et la cohérence avec les autres bases de données naturalistes. L’UMR qui a suscité sa création est donc devenue une utilisatrice potentielle de cet outil collectif, au même titre que n’importe quel autre laboratoire français ou étranger. Elle a toutefois continué à jouer un rôle majeur pour consolider et dynamiser cette entreprise. Elle contribue également à son accroissement et à sa valorisation scientifique, par son activité de recherche et par la collaboration avec d’autres unités ou d’autres organismes. 

Fin 2018 , les données saisies dans la base proviennent de: 4 993 sites archéologiques, 54 137 contextes archéologiques, 139 910 restes fauniques et 68 490 restes botaniques. Ces données sont issues de 4 912 références bibliographiques dont   85% relèvent de la « littérature grise » (rapports d’étude et mémoires universitaires). 

Ces données sont actuellement accessibles de deux manières : 

  •  Par requête auprès du chargé de conservation (C. Callou) grâce au système de consultation des collections mis en place par la Direction des collections du MNHN : http://www.colhelper.mnhn.fr. 
  • Sur le site de l’Inventaire national du Patrimoine naturel (INPN), géré par l'UMS PatriNat : http://inpn.mnhn.fr.
i2af

La base de données COMERE, “Corpus and methods of research in Archaeozoology” (resp. scientifique S. Bréhard)
La base COMERE « Corpus et méthodes de recherches en archéozoologie » a été créée pour faciliter la recherche sur les pratiques d’élevage d’animaux. Elle permet la collecte de données brutes concernant l’âge des espèces domestiques au moment de leur décès. Les espèces figurant sont les bovins, ovins, caprins, porc, chien et cheval. Les différentes méthodes utilisées par les archéozoologues pour estimer l’âge dentaire et l’âge des individus périnataux ont été recueillies à cette fin. Pour chaque espèce, des tableaux récapitulatifs ainsi que des liens vers les articles sont fournis. 

Base de données pour la saisie des données carpologiques et anthracologiques ArboDat English version 2016, partage des données françaises (coord. V. Zech-Matterne)

ArboDat (Archeobotanical Database) est une base de données de recherche créée par Angela Kreuz et collaborateurs du LfDH  (State Office for Cultural Heritage Preservation Hesse, Wiesbaden/Germany). Le projet ArboDat a considérablement évolué dans sa structure, et est désormais administré par Félix Bittmann, Lower Saxony Institute for Historical Coastal Research, Wilhelmshaven.

La version actuelle, utilisée par  plusieurs laboratoires d'archéobotanique, est disponible en anglais et fait l'objet d'un agrément avec le NIhK Wilhelmshaven. La base incluant les données françaises est adossée au GDR 3641 BioarchéoDat et peut être partagée en accord avec les dispositions détaillées dans le MoU dédié.

Autres activités du service des bases de données

Depuis 2007, le service "base de données" a participé à de nombreux projets, outils pratiques et collectifs pour l'unité ou bien en réponse à des appels à projet (ANR par exemple) : CarpoLabo, Spectro, OBRESOC, DENDRAC, KHARMAN, DOMEXP ; mais aussi BBI Belgian Bioarchaeological Inventory soutenu par le conseil scientifique du « Koninklijk Belgisch Instituut voor Natuurwetenschappen »  (Bruxelles) et Ossobook (Munich), dans le cadre du réseau européen Bioarch.

OssoBOOK

OssoBOOK (An Intermittently Synchronized Database for international palaeoanatomic collaborative research), est une base de données européenne développée en collaboration dans le cadre du GDRE Bioarch. Les données relatives aux découvertes archéozoologiques peuvent être entrées dans des bases de données locales, puis être ensuite être synchronisés avec une base de données sur un serveur global.

Ce programme est développé par les Universités Ludwig Maximilian de Munich (Allemangne) et de Bâle (Suisse). Les membres du service ont contribué à l'enrichissement de la structure de la base et assuré l'adaptation en français.

file type icon OSSOBOOK_Presentation Format (Pdf) - 2.47 Mo
Corpus de données ostéométriques des vertébrés au Caucase (ODVC)

Responsable scientifique et technique : Rémi Berthon (remi.berthon@mnhn.fr)

1. Objectif

Le récent développement  des études archéozoologiques au Caucase a conduit à la production d’un grand nombre de données ostéométriques. En raison de la difficulté de publier des tableaux de données brutes, il est nécessaire de proposer un outil pour stocker ces données et les rendre accessibles aux chercheurs qui le souhaitent.

2. Citation, propriété intellectuelle et accès

Le Corpus de données ostéométriques des vertébrés au Caucase sera publiée sous une forme qui pourra être citée dans les travaux qui l’utiliseront. Tous les fournisseurs de données seront co-auteurs de la base de données. La liste des co-auteurs évoluera donc au fur et à mesure des contributions. La mise à jour de la liste des co-auteurs sera faite après chaque contribution pendant les deux premières années et ensuite deux fois par an.

Le Corpus de données ostéométriques des vertébrés au Caucase sera hébergée sur le site du laboratoire Archéozoologie, Archéobotanique : Sociétés, Pratiques et Environnements (UMR 7209, MNHN/CNRS) et accessible aux seuls contributeurs (protection par mot de passe). Tout chercheur souhaitant soumettre  des données ostéométriques devra prendre contact avec l’administrateur de la base, qui lui fera rapidement parvenir un mot de passe pour télécharger le fichier Excel. Dans le futur, la base sera publiée en open-access.

3. Données

Le Corpus de données ostéométriques des vertébrés au Caucase a pour but d’héberger toute donnée ostéométrique de spécimens de vertébrés provenant du Caucase. La définition du Caucase suit celle de l’écorégion d’après le WWF (voir carte) et inclut tout ou partie de la Géorgie, de l’Azerbaïdjan, de l’Arménie, de la Fédération de Russie, de la Turquie et de l’Iran.

Les limites chronologiques incluent le Pléistocène et l’Holocène (y compris les spécimens modernes). La base de données peut héberger tout type de mesures mais le contributeur doit fournir la référence publiée de la définition de la mesure, pour toute nouvelle mesure.

4. Contribution

Les chercheurs qui souhaitent soumettre leurs données au Corpus de données ostéométriques des vertébrés au Caucase peuvent demander le fichier Excel aux administrateurs (Rémi Berthon et Saiji Arai) ou envoyer leurs propres fichiers qui seront mis en forme et intégrés.

Les contributeurs peuvent envoyer leurs données (et ensuite leurs corrections aux données) à tout moment. La base de données sera mise à jour régulièrement. Durant les deux premières années, une mise à jour sera publiée après chaque nouvelle contribution. Ensuite une mise à jour sera publiée deux fois par an.

5. Remerciements

Le Corpus de données ostéométriques des vertébrés au Caucase est soutenu par le laboratoire Archéozoologie, Archéobotanique : Sociétés, Pratiques et Environnements (UMR 7209, MNHN/CNRS) et l’équipe Bases de Données sur la Biodiversité, Ecologie, Environnement et Sociétés (BBEES) (UMS 3468, MNHN/CNRS).

 

Carte Caucase
Carte de l'écorégion Caucase

 

 

Publié le : 20/03/2019 à 18:32 - Mis à jour le : 07/08/2020 à 14:51