Anthropologie Génétique (AGène)

Le travail de l’équipe « Anthropologie Génétique » est centré autour de trois axes de l’évolution humaine, à différentes échelles géographiques (mondiales, continentales, régionales) comme temporelles (histoire évolutive ancienne, paléolithique, néolithique, moderne). Ces trois axes concernent (i) l’histoire du peuplement et l’inférence des processus démographiques, (ii) l’adaptation des populations humaines à leur environnement, et (iii) les interactions entre les processus génétiques et culturels dans l’espèce humaine. Ces trois axes s’appuient sur des études de terrain qui permettent l’acquisition de données de génomiques des populations humaines actuelles et passées (A.D.N. ancien), ainsi que de données culturelles. L’équipe développe des méthodes novatrices de statistique computationnelle afin d’analyser ces données.

Axe 1) Démogénétique 

Cet axe vise à reconstituer l’histoire des populations humaines à partir des données de génomique des populations. Il s’agit notamment d’inférer les événements de séparation des populations, de croissances et contractions démographiques, de mélanges et migrations entre les différentes populations. Une des thématiques vise, par exemple, à étudier dans quelles mesures les modes de vie, et/ou le changement de mode de vie des populations (agriculteurs, éleveurs, chasseur-cueilleurs…) ont eu un impact sur l’histoire démographique de ces populations.

Axe 2) Adaptation génétique des populations 

Cet axe vise à étudier comment les populations humaines s’adaptent à leur environnement à la fois culturel et naturel, par exemple en ce qui concerne les adaptations aux modes de vie et en particulier aux différences de régime alimentaire, en termes notamment de céréales, viandes et produit laitier. Ces adaptations sont étudiées tant au niveau du génome humain que de celui du microbiome associé.

Axe 3) Interactions Génomes/Culture 

Le troisième aspect vise à comprendre comment la diversité génétique humaine est influencée par diverses pratiques culturelles (règles de mariage, différences de migration entre hommes et femmes, transmission culturelle du succès reproducteur, différences linguistiques, modes de vie, pratiques méditatives, stress, etc.) et à l’inverse comment d’éventuels facteurs génétiques peuvent influencer certains comportements, par exemple le choix de partenaire Ces interactions sont étudiées au niveau génétique ainsi qu’épigénétique. Nous visons aussi à développer des méthodes permettant d’inférer ces processus à partir des données de génomique.

Méthodologie :

Pour mener à bien ces différents aspects, nous menons des campagnes de terrain afin d’échantillonner des populations dans des environnements variés (Afrique Centrale, Cap Vert, Asie Centrale, Asie du Sud, etc.). Ceci nous permet d’obtenir des données génétiques et culturelles sur ces populations, que nous étudions en association avec des données issues de bases de données publiques. Nous développons aussi des données d’A.D.N. ancien obtenues soit à partir des collections anthropologiques du Musée de l’Homme, soit lors de nouvelle fouilles archéologiques et anthropologiques.
La genèse des nouvelles données génétiques au sein de l’équipe s’appuie sur le personnel et les espaces de laboratoires de biologie moléculaire du plateau technique « Paléogénomique et Génétique Moléculaire » du MNHN au Musée de l’Homme, plateau dépendant de l’UMR7206 et sous la responsabilité scientifique et technique de membres permanents de l’équipe.
Nous produisons aussi des modèles théoriques en génétique des populations, qui servent notamment de bases conceptuelles aux développements de nouveaux outils méthodologiques d’analyse des données génomiques. Ainsi, nous adaptons ou développons de novo des méthodes statistiques computationnelles de types ABC ou MCMC, reposant en partie sur des simulations de données génétiques et leur comparaison aux données réelles, afin de réaliser des inférences spécifiques aux questions abordées dans chacun des trois axes.

Membres

Chercheurs :

AUSTERLITZ Frédéric
CHAIX Raphaëlle
ELALOUF Jean-Marc
MARSOLIER-KERGOAT Marie-Claude
SÉGUREL Laure
VERDU Paul

Enseignants-chercheurs :

BON Céline
HEYER Evelyne
MANNI Franz
TOUPANCE Bruno

Doctorants :

ALARD Bérénice (Dir. R. Chaix et E. Heyer)
BRETON Gwenna (dir P. Verdu, en co-tutelle avec Mattias Jakobsson et Carina Schlebusch, Uppsala University).
BOUTEILLE Léa (Dir. F. Austerlitz, L. Ségurel et M. Elias, UMR 7205 ISYEB)
GUARINO-VIGNON Perle (Dir. C. Bon et E. Heyer)

Postdoctorants :

LOKMER Ana (resp. L. Ségurel)

Anciens doctorants :

AIMÉ Carla (Dir. F. Austerlitz). Situation actuelle : Postdoc Université du Québec à Trois-Rivières (Canada). Lien
COSTE Christophe (Dir. S. Pavard et F. Austerlitz). Situation actuelle : Postdoc Université de Trondheim, Norvège. Lien
LY Goki (Dir. R. Chaix, S. Pavard et E. Heyer).
LUCOTTE Elise (Dir. B. Toupance et E. Heyer). Situation actuelle : Postdoc Université d’Aarhus, Danemark. Lien
MARCHI Nina (Dir. E. Heyer et L. Ségurel). Situation actuelle : Postdoc Université de Genève, Suisse. Lien
THOUZEAU Valentin (Dir. F. Austerlitz et P. Verdu). Situation actuelle : Postdoc Université Paris-Dauphine. https://www.ceremade.dauphine.fr/gestion/page_membre.php?idpers=598

Anciens postdoctorants :

DANDINE-ROULLAND Claire (resp. R. Chaix). Situation actuelle : Ingénieur Chercheur CEA. Lien
De CARA Angeles (resp. F. Austerlitz). Situation actuelle : Postdoc CEFE Montpellier. Lien
FORTES-LIMA César (resp. P. Verdu). Situation actuelle : Postdoc Uppsala University, Suède. Lien
FONTAINE Michael (resp. F. Austerlitz).  Situation actuelle : Chargé de Recherche CNRS. Montpellier. Lien
GINEAU Laure (resp. E. Heyer et A.-L. Leutenegger, INSERM U946). Situation actuelle : Chargée de Recherche IRD. Lien
JAY Flora (resp. F. Austerlitz). Situation actuelle : Chargée de Recherche CNRS. LRI Orsay. Lien
PALSTRA Friso (resp. F. Austerlitz et E. Heyer). Situation actuelle : Postdoctorant UMR 216 IRD, Paris. Lien